こちらのサイトがよくまとめられていますのでご紹介です。ほのかは、自作プラグインや自作テンプレートでかなりやっつけましたので、私のアドバイスはおそらく参考にはならないです・・・・
WordPressを初導入したら まず最初にやるべき24の設定
http://design-plus1.com/tcd-w/2011/04/wp-liteuser.html
ちなみに、GoogleアナリティクスとWordPressStatsの併用はjavascriptイベントベースなのでＤＯＭ非同期でうまく処理されないケースもありますので、どちらかひとつにした方がいいですね。
Piwikでも同様で、アナリティクスでも試しましたが、やはりWordpressStats（ＷＰのジェットパックのアクセス解析サービス）を入れると、正しいカウントにならなくなりました。常にＷＰが優先されます。 カウントしないわけじゃなくて、滑ってしまう感じですね。 もっともＤＯＭローデッドで処理されているので配置されている順列には影響しないと思いますが、javascriptがうまくタイミングで処理しきれていないような挙動なのかなと思いました。
アクセス解析はどれかひとつにした方が無難のようです。（読者のためを思えば、いちばんいいのは自前サーバで組むＰＩＷＩＫに軍配ですね。グーグルアナリティクスは無料という名目は客情報は全部売るぞ、ということなので、どんなところで流用されているのか、まるでコアソースも読ませてもらえませんし、ログサーバも見せてもらえないわけですから・・・・いくら表向きに個人情報は保護していると口先でいわれても自分で確認できる証明がありませんからねぇ）
ドロボウこそ、自分は盗んでいない！っていうのは当然ですしね。
ああ、怖い怖い、大手こわい、まんじゅう怖い。わずか１０年で急成長・・・・さすが泥棒ですね。